皇暦2017年。超大国神聖ブリタニア帝国が日本を占領し、日本は「エリア11」、日本人がイレヴンと呼ばれるようになり、名前と自由を奪われたまま7年が経過していた。
　人質として日本に送られていたブリタニア帝国の皇子ルルーシュは、戦後、正体を隠して学生として暮らしていた。レジスタンスとブリタニア軍の戦いに偶然巻き込まれ、謎の少女C.C.と出会ったルルーシュは、“ギアス”と呼ばれる絶対遵守の力を手に入れる。ギアスを手に入れた彼は、自分や妹ナナリーを捨てたブリタニア帝国を潰す時がついに訪れたと悟る。ルルーシュは仮面の反逆者ゼロとして反ブリタニアを掲げるレジスタンス・黒の騎士団を率い、暗躍を始める。
　一方、幼馴染として共に過ごした枢木スザクは、イレヴンでありながら名誉ブリタニア人として、ブリタニア軍の兵士となっていた。新型兵器ランスロットのパイロットに抜擢されたスザクは、ブリタニア軍の要となっていく。
　ルルーシュ＝ゼロとスザクは、やがてお互いの立場を知らないまま再会を果たす。反逆の意思を、友情が阻むジレンマ。今、運命の歯車が動き出す。