センセーションを巻き起こした『スター・ウォーズ/クローン・ウォーズ』がアクション満載のTVアニメシリーズとなってついに登場。

第１話では極秘任務を帯びたヨーダの一行に、待ち伏せていた敵が襲いかかる。はたしてジェダイ・マスターと3人のクローン・トルーパーは、刺客アサージ・ヴェントレス率いる圧倒的に数の多いドロイド軍との闘いから生還できるのか。第２話から第４話では、戦艦マレボランスがその巨大な姿を現す。この恐るべき破壊力を持つ宇宙船に対し、ジェダイ・ナイトのアナキン・スカイウォーカーはクローン部隊を従えて襲撃。撃沈こそできなかったがダメージを与えることに成功する。さらにパドメ・アミダラとC-3POが敵の手に落ちたことを知ったアナキンとジェダイ・マスターのオビ＝ワン・ケノービは、人質を救出しマレボランスを内側から破壊するため、大胆にも戦艦内への潜入を試みる。遙か彼方の銀河系で、アクションとユーモア溢れるエキサイティングな冒険が始まる！